“那是，在数千夜飞舞，樱花与少女们的故事” 
在魔法少女们结束了那无人知晓的拯救世界的战争十多年之后——
在樱花飞舞的古都“参禅町”生活的主人公·奏大雅。他在樱花丘学园读书，和黑猫“小黑”和学妹“千和”他们一起度过平稳的日子。
然而某一天，转校生“柊春”出现在他的面前。然后她告诉了他：“我希望能变回魔法少女……！！ 
——这是一个守护“魔法少女”的故事。
很久很久以前。
据说有几名特别的女子——“魔法少女”拯救了人类的未来。
那次战斗极为惨烈。
谁都伤痕累累。
谁都血泪斑斑。
谁都求福禳灾。
过于理所当然的“战斗故事”就在那儿。
但是……。
伤痕累累。
血泪斑斑。
求福禳灾。
少女们没有受到感谢。
没有受到赞美。
没有为谁，所知……。
尽管如此，这场“战斗”还是平安无事结束了。
“守护人类未来的故事”就这样迎来了前所未有的圆满结局。
从那之后约十年，来到现在。
……春天。
樱花撩人，邂逅与离别之季。
曾经拯救了人类未来的少女们，如今已忘却“魔法”
——作为再平凡不过的少女生活着。
面对人们理所当然遭遇的、平凡不过的困难，
少女们苦恼着，迷惘地寻找着生活的道路。
有一天。
樱花飘舞的春日。
「……求求你」
少年，奏大雅，再次与春天邂逅——
「求求你。请让我，再次变回魔法少女」
这是一个守护“魔法少女”的故事……
不只是这样的。
这一个是寻找幸福的故事。
这是守护你人生的，故事。
樱花燃烧之“夜”……
为了不让你再次悲伤——
来，扣动扳机吧。
为了拯救唯一的你。
我愿。
我愿无数次，凋零磨灭——